Todo era misterio acerca del destino de los restos del Che. La mas aceptada de las hipótesis era que el cadáver había sido incinerado y las cenizas lanzadas desde un avión sobre la selva. Sin embargo cundió también la especie de que, a las dos de la madrugada del 11 de octubre de 1967, militares bolivianos intentaron incinerar el cuerpo. Contaban para ello con cuatro tanques de combustible, pero no pudieron pues la demora hizo que comenzara a amanecer y el fuego hubiera sido muy visible. Temieron también a la susceptibilidad que estos acontecimientos provocaban entre los pobladores de Vallegrande, y a la presencia de periodistas y corresponsales extranjeros. Estos factores habrían determinado, según los rumores, que fuera enterrado en la misma zanja que un tractor cavó para los demás guerrilleros.
El lugar permaneció completamente oculto hasta el 21 de noviembre de 1995, cuando en forma sorpresiva el general retirado Mario Vargas Salinas hizo público que el Che había sido sepultado bajo la pista de aterrizaje del antiguo aeropuerto de Vallegrande. Tres días después, en medio del revuelo internacional causado por la noticia, el presidente Gonzalo Sánchez de Lozada firmó un decreto mediante el cual autorizaba a iniciar la búsqueda. Vargas Salinas, sometido a escarnio por haber violado el pacto de silencio de quienes intervinieron en el ocultamiento, no pudo o no quiso identificar el lugar.
El 1 de diciembre llegó a Vallegrande un grupo mixto de antropología forense formado por argentinos y cubanos, además de geofísicos también cubanos y técnicos italianos. Las pesquisas se desarrollaron en tres períodos, que sumaron en total unas 13 semanas, hasta el 31 de marzo de 1996.
Las áreas investigadas abarcaron, además de la pista, terrenos adyacentes correspondientes al servicio de caminos, el basurero, el vivero, el cementerio, la sede del antiguo regimiento Pando, el hospital, el Rotary Club y la cañada de Arroyo. En esta última, fueron exhumados cuatro cadáveres y se logró identificar a uno de ellos como perteneciente al guerrillero boliviano Jaime Arana Campero (Chapaco). Según el reporte de los científicos, hasta el 31 de marzo se abrieron 210 fosas, de ellas 32 indicadas por el georadar, 28 por los geofísicos cubanos y 150 de acuerdo con descripciones históricas.
Entre abril y octubre de 1996 se desarrolló una fase de investigación histórica, a cargo de la historiadora y socióloga cubana María del Carmen Ariet, quien centró su labor en cotejar y estudiar los numerosos testimonios y versiones existentes sobre la lucha guerrillera. Mientras, en el mes de junio fueron encontrados los restos del cubano Carlos Coello (Tuma) en el poblado de Florida.
En las pesquisas también participaron los antropólogos forenses argentinos Patricia Bernardi, Carlos Somigliana y Alejandro Inchaurregui. Este último explicaría a la periodista Bárbara Camiletti: “La motivación para la conformación del Equipo Argentino de Antropología Forense tenía que ver con nuestra historia reciente: la figura represiva emblemática de la dictadura de 1976 a 1983 es la desaparición. Hay que tener en cuenta que la desaparición no es solo secuestrar gente, llevarla a un centro de detención, en la mayoría de los casos asesinarla, sino también disponer del cuerpo. Como la metodología de deshacerse de los cuerpos básicamente residía en dos posibilidades, tirarlos al río o al mar, o sepultarlos en cementerios municipales como NN, es en este último caso en que uno podía recoger los restos luego de hacer una hipótesis de quién es la víctima, exhumarlos con técnicas de arqueología prehistóricas, recuperar los 206 huesos que tiene un esqueleto maduro y las 32 piezas dentarias. Con eso comparar información pre mortem con información pos mortem, que es la que provee el esqueleto, y de esta manera establecer una identificación”. Esa técnica se aplicó en la búsqueda de los restos del Che.
“En el año 67 hubo cuatro sucesos de muertes de guerrilleros, ya sea en enfrentamiento o detención y ejecución entre el 30 de agosto del 67 y el 14 de octubre, entonces hubo cuatro episodios en los cuales mataron gente y ocultaron los cuerpos, por lo tanto en principio la hipótesis era que había cuatro lugares de inhumación. En la búsqueda encontramos primero el cuarto suceso, tres esqueletos a 5 kilómetros de Vallegrande, pero ahí no estaba el del Che. Luego dimos marcha atrás y en lugar de seguir excavando iniciamos lo que en realidad deberíamos haber hecho al principio que es una investigación histórica que fortalezca o no la hipótesis que el cuerpo del Che estaba enterrado en la pista de aterrizaje”.
“Es así que articulamos una investigación con los cubanos, ellos mandaron a Bolivia a la persona que más sabía sobre el Che, María del Carmen Arriet, hablamos con mucha gente que nunca había hablado, con ex militares, viudas de militares, incluso yo fui a Asunción del Paraguay a hablar con una de ella que me aportó mucha información. Además el general Vargas Salinas, a pesar de que fue arrestado domiciliariamente, tratado de drogadicto, cocainómano, alcohólico, para descalificar la versión que él había dado, confirmó que lo que había dicho sobre el cuerpo del Che era cierto. También nuestra investigación nos llevó a la misma conclusión. Los restos del Che estaban debajo de la pista de aterrizaje de Vallegrande.
El hallazgo de la fosa número 7, realizado el 28 de junio, marcó el punto culminante de las tareas de búsqueda. En los días siguientes, hasta el 1 de julio, fueron encontradas sucesivamente las osamentas de siete cuerpos.El que más llama la atención es el número dos. Se trata de los restos más completos. Se conserva parte de una chaqueta verde olivo sobre el torso y el cráneo. En la pelvis quedan pedazos de un cinturón de cuero. A la osamenta le faltan las manos. Esas son las primeras evidencias. Luego se determinarán otras. La prominencia de los arcos superciliares coincide con esa característica en la frente del Che. La ausencia de un molar superior izquierdo también corresponde con su ficha dental.
Inchaurregui revela el momento que más lo impactó y movilizó emocionalmente: “Fue en el momento en el que levantamos los restos. El Che tenía una campera, en el año 67 cuando al cadáver le sacan la famosa foto que luego hacen la analogía con Jesucristo una señora se roba la campera y se la lleva a su casa, a las dos horas el Ejército Boliviano irrumpe en la casa y recupera la campera. Finalmente cuando tiraron los siete cuerpos en el año 67 a la fosa de la pista de aterrizaje también arrojaron la campera”.
“Esa prenda cubría el tórax y el cráneo del Che y como el sedimento era muy duro costaba mucho levantarla. A mi lado había un antropólogo cubano, Héctor Soto, una persona con una humildad absoluta y un conocimiento científico elevadísimo. Cuando logré levantar la campera apareció el cráneo y vi que él se quedó quieto y no trabajaba y entonces le digo `Soto ¿qué te pasa?, dale´, había 200 personas que miraban, se sentían los flashes de cámaras; y él me dice `no lo puedo tocar´. Entonces le digo `bueno Soto, pero dale ponete las pilas´, pero él estaba muy conmovido y repetía `no lo puedo tocar´”. Después de un rato dio la vuelta detrás de mí, tocó los arcos superciliares del Che, que eran muy pronunciados, como confirmando que era él y le hizo una reverencia, se puso una mano por atrás y se inclinó. Después volvió donde estaba y pudo reiniciar su trabajo. Es como que le pidió permiso, está claro que para él era un semi dios quien estábamos exhumando. Y también me acuerdo que cuando el responsable de los forenses cubanos, Jorge González, estaba filmando lo que hacíamos yo encuentro un mechón de pelo del Che, se lo muestro y por primera vez, después de media hora, desplaza su rostro de la cámara y en realidad vi que estaba llorando como un chico, no estaba filmando sino que ponía la cara detrás de la cámara para ocultar su emoción. Había un silencio impactante, solo se escuchaban los flashes de fotos y las flores que tiraba la gente”.
En la madrugada del martes 8 de julio fueron trasladados los restos de los siete guerrilleros hacia la ciudad de Santa Cruz de la Sierra. En la morgue del Hospital Japonés se efectúan los exámenes finales mediante equipos computarizados. Finalmente, los periodistas enviados a Vallegrande por medios informativos de todo el mundo recibieron la confirmación de la noticia: los restos hallados son los del comandante Ernesto "Che" Guevara, juntamente con los de los cubanos René Martínez Tamayo (Arturo), Alberto Fernández Montes de Oca (Pacho) y Orlando Pantoja Tamayo (Antonio), también los guerrilleros bolivianos Simón Cuba (Willy) y Aniceto Reynaga (Aniceto), y el combatiente peruano Juan Pablo Chang (El Chino).
