El debate sobre la forma de gobierno comenzó en la sesión del 12 de julio. La gran mayoría de los congresales, menos Godoy Cruz, apoyaba la forma monárquica constitucional, sistema dominante en la época con modelo en Inglaterra, en cabeza de un descendiente de los incas y con capital en Cuzco, propuesta que trajo un enfrentamiento con los representantes de Buenos Aires a favor de que el poder quedara en el Río de la Plata. El bonaerense Tomás Manuel de Anchorena pronunció un discurso a favor del republicanismo diciendo que la forma monárquica convenía a los países aristocráticos de la zona montañosa de América, pero no sería aceptada en la llanura, de hábitos más populares. Creía que la única manera de conciliar tipos tan opuestos era “la federación de provincias”.
El debate siguió el día a 15 y la primera disidencia fue la del sanjuanino Fray Justo Santa María de Oro quien propuso la necesidad de consultar antes a las provincias porque de lo contrario se retiraría del congreso. Finalmente, en las sesiones secretas del 4 de septiembre se aprobó en general la monarquía constitucional con el sólo
agregado de “que esto podrá hacerse cuando el país esté en perfecta seguridad y tranquilidad.” El catamarqueño Manuel Acevedo insistió en agregar que Cuzco sería la capital del nuevo reino
pero opuso el bonaerense Esteban Gascón. No se votó la propuesta completa por entenderse que si bien había pronunciamiento general a favor de la monarquía temperada, no sucedía lo mismo en cuanto a la dinastía del Inca y a la capital en el Cuzco.
En la publicación Historia de Belgrano de 1816, Bartolomé Mitre escribió acerca de esta controversia refiriéndose al descendiente inca: “se exaltaba la memoria de José Gabriel Túpac
Amaru ligando su malograda empresa treinta y seis años antes, con los propósitos y aspiraciones de la revolución sudamericana. Parecía tener por objeto propiciar la candidatura al fantástico trono de un descendiente que con el mismo nombre hacía treinta y cuatro años yacía cautivo en las mazmorras españolas”.
