El destino de los atacantes y principales responsables de los atentados del 11 de septiembre de 2001 se divide fundamentalmente entre los terroristas suicidas que perpetraron los secuestros en vuelo y los altos mandos de Al-Qaeda que planificaron la operación.
Los secuestradores fueron 19 y todos murieron el mismo 11 de septiembre al estrellar los cuatro aviones comerciales (Vuelos 11 y 175 de American/United contra las Torres Gemelas, el Vuelo 77 contra el Pentágono y el Vuelo 93 que cayó en Shanksville, Pensilvania). Entre ellos figuraba el cabecilla táctico de los comandos, Mohamed Atta.
Osama bin Laden, el líder y fundador de la red terrorista Al-Qaeda, considerado el máximo responsable intelectual de los ataques, logró escapar inicialmente a Afganistán y posteriormente a Pakistán. Fue localizado y abatido por un comando de fuerzas especiales de los EE.UU. (los Navy SEALs) el 2 de mayo de 2011 durante una incursión secreta en su residencia de Abbottabad, Pakistán. Su cuerpo fue arrojado al mar, en un lugar desconocido.
Jalid Sheij Mohamed, considerado el principal cerebro e ideólogo de los atentados, fue capturado en Pakistán en marzo de 2003. Junto con otros tres acusados clave –Walid bin Attash, Ali Abdul Aziz Ali (Al Baluchi) y Mustafa al Hawsawi–, pasó años en prisiones secretas de la CIA, donde fue sometido a torturas antes de ser trasladado a la prisión de máxima seguridad en la Base Naval de Guantánamo.
El proceso judicial contra ellos ha estado marcado por constantes retrasos legales, recursos de la defensa sobre el uso de confesiones obtenidas bajo tortura y debates sobre la jurisdicción.
