1. El suicidio. Fue ventilada por Sergio Berni en las primeras horas y es mantenida aún, en off, por funcionarios del Gobierno. Se basa en la idea de que una fuente de Inteligencia había prometido información adicional a Nisman antes de su presentación frente a los diputados en el Congreso y no cumplió. Para explicar la fatal decisión del fiscal, se le atribuye un carácter soberbio que lo llevó a preferir el suicidio a enfrentar el escarnio público al que, afirman, lo hubiera sometido el bloque oficialista, luego de acusar a la Presidenta de encubrir el atentado más mortífero en la historia argentina.
2. El suicidio inducido. Fue sugerida en la conferencia de prensa de los diputados del FpV y en las cartas de Cristina Kirchner. Se apunta al ex agente Antonio Stiuso como un posible responsable de una operación que instigó en primer lugar la denuncia por encubrimiento para luego inducir el suicidio del fiscal, por medio de presiones o amenazas a su familia. El objetivo era lograr un fuerte impacto político con la muerte del fiscal que, se esperaba, sería adjudicada al Gobierno. Se intentaba perjudicar a la Presidenta, en venganza por el desplazamiento de la Secretaría de Inteligencia.
3. Operación del Mossad. A pesar de que la Presidenta dijo que había que dejar las conspiraciones “a John Le Carré”, esta idea es barajada en despachos del núcleo duro kirchnerista. Se hace referencia a una operación similar realizada contra un líder del partido político y milicia libanesa Hizbolá. Aunque no de forma explícita, las cartas enviadas por el canciller, Héctor Timerman, a sus pares de Israel y EE.UU. Bajo esta hipótesis, se especula sobre la posibilidad de que Diego Lagomarsino sea un agente. Incluso, hay quien sospecha del periodista Damián Patcher, el primero en informar sobre un incidente.
4 .Operación de un comando venezolano. Se apunta al jefe del Ejército César Milani o sectores de la Secretaría de Inteligencia que responden al oficialismo. Habrían contado con asistencia de especialistas venezolanos que montaron la escena y perpetraron el crimen. Esta alternativa fue presentada, con distintos matices, por el escritor Jorge Asís y los columnistas Joaquín Morales Solá, La Nación, y Eduardo Van Der Kooy, Clarín. En algunos casos se suma la idea de que hubo participación de agentes iraníes. También se apunta a un posible vínculo entre la mujer que apareció calcinada a pocos metros del edificio Le Parc.
5.Operación iraní. El portal de información de inteligencia Debka Files, con base en Israel, afirmó que un falso disidente iraní fue el responsable. Indican que, bajo el nombre de Abbas Haqiqat-Ju, ganó la confianza del fiscal durante cuatro años en los que le facilitó documentos iraníes sobre el atentado. La operación habría sido ordenada por el Ministerio de Inteligencia de Irán y también habría contado con asistencia de oficiales del Gobierno. Un segundo disidente habría asistido a Haqiqat-Ju en el crimen y contaban con un apartamento en el complejo Le Parc.
6. El crimen pasional. La Presidenta había sugerido en sus cartas la existencia de un vínculo sentimental entre el fiscal y el informático Diego Lagomarsino, quien negó este dato en una entrevista con el diario español El País. Fue más allá el senador oficialista Salvador Cabral, quien afirmó que el contratado por la UFI-AMIA habría encontrado a Nisman con otro hombre y decidió matarlo, pero nunca explicó cómo logró montar una escena de suicidio. Según Cabral, Stiuso aprovechó la situación para desestabilizar al Gobierno.
