El enroque de la cúpula de la Secretaría de Inteligencia nacional (ex SIDE) depositó a Aníbal Fernández en su lugar preferido, donde pasó ocho de los últimos once años: la Casa Rosada.
El actual senador fue convocado para ocupar la Secretaría General de la Presidencia, cargo que abandona Oscar Parrilli para conducir el organismo de inteligencia en reemplazo de Héctor Icazuriaga. Así, volverá al Poder Ejecutivo Nacional, bien cerca de la presidenta Cristina Fernández de Kirchner.
Fernández comenzó su carrera política en territorio bonaerense: asesor de la Comisión de Presupuesto de la Cámara de Senadores (1983), secretario administrativo del bloque del Movimiento Peronista (1985 - 1987), asesor del Concejo Deliberante de Quilmes (1983 y 1989) y luego intendente de esa localidad bonaerense, entre 1991 y 1995. También fue Secretario de Gobierno de la Provincia de Buenos Aires con Eduardo Duhalde, en 1997, y ministro de Trabajo de su sucesor, Carlos Ruckauf.
Fue Duhalde el que lo llevó por primera vez a la Casa Rosada, precisamente al mismo cargo que ocupará ahora: Secretario General de la Presidencia. Más tarde pasaría al Ministerio de la Producción. En 2003, Néstor Kirchner lo pasó al Ministerio del Interior, cargo que ocupó hasta el 10 de diciembre de 2007. A diferencia de otros kirchneristas, él nunca renegó de su pasado: alguna vez dijo que era "duhaldista portador sano".
Ya con Cristina en la presidencia, Aníbal ocupó el Ministro de Justicia, Seguridad y Derechos Humanos. El 8 de junio de 2009, después de la derrota del oficialismo en las elecciones legislativas, Sergio Massa (que fue candidato testimonial) renunció a la Jefatura de Gabinete. Fernández fue el elegido para sucederlo, y le imprimió un estilo personal, propio de la época de las "batallas culturales" como la Ley de Medios: lengua filosa, chicanas a los opositores, y siempre una respuesta lista, a veces grosera, para las preguntas de los periodistas.
Para las elecciones de 2011, Fernández fue electo senador nacional por la Provincia de Buenos Aires, cargo que ocupa hasta hoy. En el último año, anunció sus intenciones de ser candidato a presidente por el Frente Para la Victoria en 2015, aunque otros competidores del mismo espacio le sacan ventaja en las encuestas, como Daniel Scioli y Florencio Randazzo.
