El exjefe de la DAIA fue uno de los blancos en los que hizo foco la presidenta Cristina Fernández de Kirchner durante su discurso de apertura de la 133° Asamblea Legislativa, cuando se refirió a la causa AMIA. Ante los dichos, Rubén Beraja respondió: “Usar la cadena para atacar a un ciudadano es un abuso de poder intolerable".
Ante las acusaciones del posible encubrimiento por la causa AMIA, Fernández de Kirchner afirmó en su discurso: “Han pasado 21 años y no tenemos un solo condenado, ni un solo preso por AMIA. No necesito carteles. Yo puedo ir con carteles al frente de la AMIA para decirles también que un expresidente de la DAIA, Rubén Beraja, encubridor y vaciador de bancos, está procesado en juicio oral por haber traicionado su religión y su nación".
Hoy, Beraja, en diálogo con Radio Rivadavia, le respondió: “Las agresiones e injurias que me dirigió son gratuitas y muestran un abuso de poder contrario a la democracia y la República". Y agregó “Este ataque contra mi persona encierra un ataque oblicuo a las actuaciones de dirigentes de la comunidad”.
El exjefe de la DAIA, afirmó: “Es como una advertencia a la digna postura asumida por ellos en relación al pacto con Irán y encubrir la decisión de la presidente de no reconocer el error político, jurídico y moral de haber "transado" con ese país.
Con respecto al memorándum de entendimiento con Irán reflexionó: “Por cuestiones ideológicas no transa con los fondos buitres, pero no tiene prurito en acordar con el régimen autoritario y dictatorial de Irán".
“Yo era representante de la DAIA, actuaba en defensa de los intereses de las víctimas. Me ponen en el paquete como si fuera cómplice para ocultar la verdad, después de haber jugado mi vida y muchas otras cosas en aras del esclarecimiento del atentado", se defendió.