El Consejo de la Magistratura sancionó económicamente a Daniel Rafecas tras considerar que el juez federal tuvo conductas "indecorosas" durante su actuación al frente de la causa que inició el fallecido fiscal Alberto Nisman contra la ex presidenta Cristina Fernánzdez de Kirchner y varios de sus funcionarios por supuesto encubrimiento del atentado a la AMIA.
El organismo decidió reducirle a la mitad el sueldo de un mes por haberse reunido en 2015 con dirigentes de la comunidad judía para adelantarles su decisión de cerrar esa investigación al considerar que la ex mandataria nacional no incurrió en ningún delito al firmar el Memorándum con Irán.
Además, se le endilga llamar telefónicamente al actual diputado oficialista Waldo Wolff para pedirle que dejara de criticarlo públicamente por el manejo que estaba teniendo en el caso.
De esta manera, el Consejo dio por terminado el proceso de acusación contra Rafecas, que había comenzado la líder de la Coalición Cívica, Elisa Carrió, y que al comienzo podía derivar en un juicio político y posible destitución del titular del Juzgado Criminal y Correccional Federal número 3 de la Capital Federal.