Como tantas otras circunstancias de la historia argentina, el origen de José de San Martín también es motivo de debate. Una gran parte de la biblioteca señala a Juan de San Martín y Gregoria Matorra como padres del prócer, sin embargo varias corrientes afirman que los progenitores fueron Diego de Alvear y Rosa Guarú, una mujer guaraní que trabajaba en casa de la familia
El historiador Hugo Chumbita se presentó en el 2000 "junto con Herrera Vegas y un descendiente de la familia Alvear a una audiencia en la Comisión de Cultura del Senado para presentar la cuestión del origen de San Martín en base a una cantidad de antecedentes y testimonios, y plantear un estudio de ADN para aclararlo”.
En 2006 se formó el Grupo Lautaro para impulsar la investigación y requerir el apoyo a laboratorios universitarios para avanzar en el estudio de ADN. Ese mismo año, por iniciativa de la diputada Araceli de Ferreyra, del Frente para la Victoria (FPV) de Corrientes, la Cámara de Diputados de la Nación declaró de interés parlamentario la realización del estudio de ADN.
El historiador remarcó que “es posible hacer el ADN para verificar su ascendencia paterna, comparando sus datos genéticos con los de los descendientes de don Diego de Alvear, que según la tradición sería su padre biológico. En cuanto a la madre, también es posible encontrar en el ADN de San Martín las huellas de su ascendencia de tipo guaraní”.
El historiador pampeano enfatizó que "demostrar el verdadero origen de José de San Martín es importante porque permitirá entender mejor el sentido de su campaña libertadora, que era la independencia y la igualdad", precisó.
Chumbita destacó a la agencia oficial Télam que el Instituto Sanmartiniano y la Academia Nacional de la Historia “fueron consultados y se opusieron a la realización del ADN, pero no realizaron un procedimiento formal por escrito”.
“En esas instituciones ha prevalecido una tendencia a sostener la tradición historiográfica liberal y el mito de la Argentina blanca y europea, donde los argentinos 'descendemos de los barcos', que es la orientación impuesta desde hace más de un siglo en el sistema educativo; prejuicios que están cediendo, pero aún no resulta fácil remover”, especificó.
Historia. Según indica Télam, Alvear fue un español que llegó al Río de la Plata como alférez de la fragata “Rosalía”, que ancló en Montevideo el 10 de noviembre de 1774, a para reunirse con delegados de la corona portuguesa sobre los límites que buscaban fijarse al norte del Río de la Plata. Historiadores afirman que pudo haber estado en Yapeyú y sus alrededores entre 1775 y 1778.