Cada vez que hubo recambio en los gabinetes kirchneristas, Mario Blejer sonó como posible candidato al Ministerio de Economía o al Banco Central. Aunque nunca llegó a asumir un cargo en la gestión K, siempre se lo señaló como asesor informal del Gobierno.
Cuando Martín Redrado salió eyectado del Banco Central por la crisis de las reservas a principios de 2010, Blejer contó con el aval de Amado Boudou para ocupar el puesto que finalmente obtuvo Mercedes Marcó del Pont. De los economistas tolerados por los mercados, Blejer es uno de los más moderados y menos críticos con el Gobierno. Actualmente, preside el Foro País, una organización de lobby sojero que nuclea a productores agroindustriales y que maneja su esposa.
Tras la debacle de 2001, Blejer dejó su cargo en el FMI para asumir la vicepresidencia del Banco Central durante la presidencia de Fernando de la Rúa. Con Eduardo Duhalde, escaló a la presidencia del organismo, pero duró apenas seis meses. Luego fue asesor del Banco de Inglaterra.