Cinco años después, el control de la aeronavegación civil vuelve a manos de la Fuerza Aérea Argentina, en medio de un enfrentamiento entre sectores sindicales vinculados con la actividad y el Estado Nacional, titular de Aerolíneas Argentinas, una empresa controlada por el joven camporista, Mariano Recalde.
Sin embargo, en 2006 era diferente el panorama por el cual se había decidido transferir el control de la actividad aérea a manos civiles. El ex presidente Néstor Kirchner y su ministra de Defensa, Nilda Garré, fueron los encargados de crear al nuevo organismo que controlaría la seguridad de los cientos de miles de pasajeros que sobrevuelan el territorio nacional. Si bien se encontraba en carpeta varios meses antes de tomar la decisión, todo se apresuró tras el estreno en los cines del documental Fuerza Aérea Sociedad Anónima, de Enrique Piñeyro, una de las personalidades que más renombradas en el tema, tras ser piloto de la desaparecida LAPA y de realizar la película Whisky Romeo Zulú. La cinta, que se estrenó el 31 de agosto de dicho año, relataba cómo varias autoridades de la Fuerza Aérea recibían coimas para omitir controles.
Según publicó el diario Clarín del 2 de septiembre de 2006, la Ministra declaró que "no había ningún motivo para que el CRA (Comando de Regiones Aéreas) esté en manos de la Fuerza Aérea. Es absurdo que una organización con características corporativas como la FAA maneje el control de un organismo con un movimiento económico tan importante como la aviación", declaró.
"Se trata de una decisión tomada en su momento por el presidente Néstor Kirchner para una mayor profesionalización de ese control y también para que las Fuerzas Armadas se avoquen estrictamente a su función específica", explicaron fuentes de la cartera a la agencia oficial Télam.
La ANAC o Autoridad Nacional de Aviación Civil fue la encargada, bajo la órbita del Ministerio de Planificación Federal, de realizar dichas tareas que ahora volverán a manos de la FAA. La medida alcanza a doce ex militares que cumplían tareas de controladores aéreos en Ezeiza.
Según fuentes del sector, estas personas habían pasado en su momento de la Fuerza Aérea a la ANAC, por lo que ahora regresan a la repartición militar. Los controladores cumplieron en las últimas horas un "paro extorsivo", aseveró el ministro de Planificación Federal, Julio de Vido.
Trailer del documental Fuerza Aérea Sociedad Anónima, de Enrique Piñeyro (2006)