El entonces presidente Carlos Menem lo propuso para el cargo. Con luz verde, en junio de 1993, y a los 35 años, el entonces abogado Juan José Galeano asumió como titular del juzgado federal 9 de Capital Federal.
Antes de llegar a su despacho federal, había trabajado como abogado en un estudio privado y como secretario en un juzgado de instrucción en lo criminal. En 1994, ya en el fuero federal, le llegó el gran caso. Se hizo cargo de la investigación del atentado a la AMIA, volada el 18 de julio de 1994 y que dejó 85 muertos.
De allí y merced a supuestos vínculos que se le atribuyeron con el ex titular de la SIDE Hugo Anzorreguy, pasó a comandar durante nueve años uno de los procesos judiciales más complejos de la historia argentina.
"Se van a caer de espaldas", fue la frase suya que quedó en la historia. La pronunció tras entrevistarse en Venezuela con un arrepentido iraní, Manucher Moatamer, un encuentro para el que viajó a bordo del avión presidencial "Tango 04" y del que dio cuenta en persona a Menem apenas vuelto al país, en una decisión que le fue criticada por años.
El 3 de agosto de 2005, el magistrado terminó acusado de once delitos y fue destituído en juicio político. Pero los destinos del entonces magistrado aficionado al jazz ya se habían separado de la causa AMIA por decisión de la Cámara Federal, que en diciembre de 2003 le quitó la causa por sospechar que había perdido imparcialidad.
Para entonces, en el subsuelo de los tribunales federales de Retiro se acumulaban las acusaciones en su contra en el juicio oral donde resultó absuelta la supuesta "conexión local" del ataque: cuatro ex policías bonaerenses y el reducidor de autos Carlos Telleldín, a quienes él había encarcelado.
Galeano presentó su renuncia ante el presidente Néstor Kirchner el 15 de setiembre de 2004, tras conocerse el veredicto del Tribunal Oral Federal 3 donde se lo acusó de haber armado una causa "ficticia" con "pruebas falsas" en respuesta a "inescrupulosos intereses de gobernantes de turno".
La dimisión no fue aceptada en vista a un juicio político que se tornaba inminente y por ello, cuatro días más tarde la retiró. En febrero de 2005, el actual abogado Galeano fue suspendido por el Consejo de la Magistratura, que finalmente lo destituyó por haber pagado en forma ilegal 400 mil dólares al acusado Telleldín en 1996.
