Al igual que otros ex secretarios de Néstor Kirchner, Daniel Muñoz fue investigado en la Justicia por enriquecimiento ilícito, pero al final la causa terminó cerrada.
Desde que llegó a la Casa Rosada, sus bienes crecieron de manera meteórica. En julio del año 2003, presentó su primera declaración patrimonial a la Oficina Anticorrupción, donde reconoció que no tenía ningún inmueble, ningún ahorro (“0 pesos”), un Volkswagen Gol de 15 mil pesos y su sueldo como empleado provincial.
A fines del 2009, cuando presentó su última declaración jurada de bienes, su suerte había cambiado. Accionista de dos empresas de transporte, 450 mil pesos en ahorros, 675 metros cuadrados en Mar de las Pampas, un Ford Focus modelo 2006 y seis cabañas turísticas en El Calafate, construidas en un terreno de 1.285 metros cuadrados.
A pesar de todo, el juez federal Claudio Bonadío resolvió que el crecimiento estaba justificado y cerró el expediente.