Nacido en Tours el 24 de junio de 1923, vivía en París desde 1943. Después de haber estudiado filosofía con Gaston Bachelard, se acercó durante un breve período al surrealismo, del que se alejó para acercarse al existencialismo. Bonnefoy es autor de una importante obra poética (Del movimiento y de la inmovilidad de Douve, Relatos en sueños, Principio y fin de la nieve. La lluvia de verano, Las tablas curvas. Lo improbable, El territorio interior).
Sus poemas, caracterizados por picos de misticismo, intentaban percibir la globalidad de lo real. Fue también traductor de Shakespeare y Keats y autor de ensayos sobre poetas y pintores (dedicó sesudos y originales ensayos a Rimbaud, Baudelaire, Alberto Giacometti, Joan Miró, Goya y Edward Hopper).
Para muchos es el poeta francés más importante de la segunda mitad del siglo XX. Bonnefoy recibió varios premios; el de la Crítica (1971), el Balzan (1995) y el Franz Kafka, que le fue entregado en Praga el 30 de octubre de 2007.
En 2013 fue galardonado con el Premio en Lenguas Romances que otorga la Feria Internacional del Libro de Guadalajara en México.